Numerosi sono in Italia i paesi che portano il nome di Villa e solo in provincia di Padova tra comuni e frazioni e troviamo Il. Villa è parola latina che indica abitazione rustica, ossia campestre, e da questo derivò il nome generico di villaggio ad un gruppo di abitazioni di campagna.

Al nome Villa venne sempre aggiunto un altro per distinguerle e nella nostra provincia abbiamo: Villa del Bosco, Villa di Teolo, Villalta ecc. Gli storici padovani scrissero che Villa del Conte fu fabbricata dopo il 1350 dal conte Jacopo da Carrara, figlio naturale di Francesco da Carrara  signore di Padova. e che perciò il paese assunse quel nome.

Ma in documenti del 1085. tre secoli prima dei Carraresi si parla di una Villa de camite (comite in latino vuoi dir conte) ma forse questo era altro luogo. e nel 1275. cioè 50 anni prima dei Carraresi. viveva a Padova un giudice che si chiamava Matteo da Villa del Conte. Qualunque sia però l'origine di questo villaggio. è certo che la sua è una nobile provenienza.

Le prime tracce di Villa Comitis sono desumibili da alcuni toponimi che ricordano la presenza romana e il graticolato Cittadella-Bassano entro cui sorse il villaggio. In diverse località (Via Vittorio Veneto, S. Massimo di Borghetto, chiesa parrocchiale, etc.) nel corso degli ultimi anni sono stati rinvenuti notevoli reperti archeologici di epoca romana.
Il 29 aprile 1085, Ecelo I, della famiglia degli Ezzelini da Onara, con altri signori, tra i quali alcuni esponenti della famiglia da Camposampiero, elargì un'importante donazione al monastero di Santa Eufemia di Villanova (l'attuale frazione di Abbazia Pisani). In questo documento appaiano per la prima volta i nomi di Bassano e del Margnano (un sito archeologico nel comune di Bassano del Grappa.

il paese fu punto d'attrazione di numerose famiglie padovane e successivamente veneziane grazie alla presenza del fiume Tergola che permetteva veloci spostamenti via acqua con Venezia. Già nel '400 sorgono numerose ville patrizie, alcune delle quali rimangono ancora (palazzi Morosini-Carlon,Zara-Todesco, Dolfin, Sanudo-Piacentini).
Agli inizi del Novecento esisteva una località "Malcanton", omonima di una zona di Venezia, che corrispondeva all'attuale incrocio tra via degli Alpini e via Don G. Carrara (ex Via Chiesa).

Villa del Conte è stata interessata dai combattimenti del primo conflitto mondiale e ha pagato un pesante tributo di vite umane. In Piazza Vittoria che corrisponde al centro del paese è stato eretto il Monumento ai Caduti. Le tristi vicende del secondo conflitto mondiale qui hanno avuto un'eco importante. Ad Abbazia Pisani sorge un artistico monumento che ricorda le numerose vittime della rappresaglia nazi-fascista che il 29 aprile 1945 misero a ferro e fuoco la località.

Il paese dopo la seconda guerra mondiale è stato interessato da una forte emigrazione verso i paesi del nord Europa: Germania, Svizzera, Austria. Chi poteva andava a cercare lavoro all'estero e periodicamente inviava del denaro ai familiari a casa.